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課程名稱 |
生物資訊學
Bioinformatics |
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開課學期 |
107-2 |
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授課對象 |
學程 系統生物與生物資訊學程 |
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授課教師 |
阮雪芬 |
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課號 |
LS5075 |
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課程識別碼 |
B21 U2190 |
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班次 |
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學分 |
3.0 |
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全/半年 |
半年 |
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必/選修 |
選修 |
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上課時間 |
星期四7,8,9(14:20~17:20) |
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上課地點 |
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備註 |
Ｂ群選擇必修。課程要求：已修畢生物化學或分子生物學。上課地點：博雅408教室。
總人數上限：45人 |
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Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1072LS5075_BI |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
本課程尚未建立核心能力關連 |
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課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
生物資訊學是結合分子生物學和電腦的科學，主要著重在利用電腦資料庫、演算法及統計學分析基因體和蛋白質體相關資料。課程除了教授基本的生物資訊學相關知識外，亦進行電腦實作分析，進而使學生了解並能應用於生物科學的研究上。 |
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課程目標 |
學生將能了解現今生物資訊學的知識，同時能將所學應用於生物學的研究。 |
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課程要求 |
已修過生物化學或分子生物學 |
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預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
Jonathan Pevsner, Bioinformatics and Functional Genomics (2nd edition, Wiley-Blackwell, 2009) + (3rd edition, 2015).
Juan, H.-F. and Huang, H.-C. (2012) Systems Biology: Applications in cancer-related research (World Scientific Publishing, Singapore).
Juan, H.-F. and Huang, H.-C. (2018) A Practical Guide to Cancer Systems Biology (World Scientific Publishing, Singapore). |
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參考書目 |
生物資訊相關的期刊論文: Bioinformatics (Oxford), Nature, Science, Molecular Systems Biology |
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評量方式
(僅供參考) |
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No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
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1. |
作業 + 隨堂考 |
20% |
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2. |
期中考 |
40% |
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3. |
期末考 |
40% |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
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第1週 |
2/21 |
Introduction RBasic concept of programming (types, operators, control flow, loops) |
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第2週 |
2/28 |
和平紀念日放假 |
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第3週 |
3/07 |
Pairwise sequence alignment |
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第4週 |
3/14 |
Basic Local Alignment Search Tool (Blast) |
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第5週 |
3/21 |
Multiple sequence alignment |
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第6週 |
3/28 |
R -- Dataframe manipulation, Graph plotting |
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第7週 |
4/04 |
兒童節(放假日) |
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第8週 |
4/11 |
Molecular phylogeny and evolution |
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第9週 |
4/18 |
期中考 (筆試 上機) |
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第10週 |
4/25 |
Bioinformatics software practice I
RNA-Seq pipeline introduction, Differential Expression Analysis using limma |
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第11週 |
5/02 |
Bioinformatic approaches to RNA |
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第12週 |
5/09 |
Gene expression data analysis |
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第13週 |
5/16 |
Bioinformatics software practice II
Enrichment analysis includes KEGG, Gene Ontology and more. |
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第14週 |
5/23 |
Network biology |
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第15週 |
5/30 |
Proteomics |
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第16週 |
6/06 |
Protein Structure |
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第17週 |
6/13 |
Bioinformatics software practice III
Network visualization using Cytoscape |
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第18週 |
6/20 |
期末考 (筆試 上機) |
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